海南
沒想到火箭隊的目標就是三神云的力量，他們破壞了神云的石碑引發神云大戰。借此火箭隊在三神云疲憊時抓捕了三神云，千鈞一發之際小智指揮寶可夢救出了三神云，無奈之下火箭隊只得放棄本次任務戰術撤退。最終土地云在島民的幫助下戰勝了雷電云和龍卷云，因此風波總算平息，三神云也隱入天際。
在此之后小智來到帆巴道館提出挑戰，經過數輪對決他與館主各自損失了兩名寶可夢。而在決戰之中小智的石丸子進化為地幔巖，接踵而至的一招碎巖成功擊敗館主的鋼鉆鼴鼠，隨即小智得到第五枚徽章震動徽章。
之后大家繼續上路并再次見到了尾行而來的混混鱷，對方這段時間一直在暗中跟隨著小智等人。這次皮卡丘先和混混鱷聯手，在雙打對決中戰勝了蟾蜍王和蜈蚣王。接著兩者更是進行了1V1的正面對決，在堂堂正正的擊敗了混混鱷后小智成功收服對方。
此后大家來到了吹寄道館，小智提出挑戰。方一開場混混鱷面對空中的心蝙蝠當即不敵敗下陣來，好在咕咕鴿和皮卡丘穩定發揮，先后擊敗了心蝙蝠和高傲雉雞。不過皮卡丘卻被館主的舞天鵝擊敗，危急關頭咕咕鴿實現進化成為高傲雉雞。
兩大巨禽在空中爆發了激烈的交鋒，靠著新學會的絕招燕返高傲雉雞戰勝對手取得勝利，因此小智收獲了第六枚徽章噴射徽章。
第二天大家又參加了東·喬治格斗大會，這個比賽同樣吸引了一眾格斗系的高手參加，靠著滑滑小子小智獲得了四強的成績，而奪取冠軍的則是擁有打擊鬼的肯尼亞。
隨后小智在對戰俱樂部中遇到了暖暖豬的原主人，對方如今已經收服了一只炎武王氣焰囂張，隨即小智和他進行了一場對決，過程中暖暖豬進化成為炒炒豬戰勝了炎武王。
一段時間后大家來到了雪華道館提出挑戰，第一輪對決滑滑小子戰勝了多多冰，第二場交鋒炒炒豬引爆了幾何雪花擊敗對手，第三場戰斗混混鱷打倒了凍原熊，于是小智成功得到了第七枚徽章冰柱徽章。
很快他就馬不停蹄來到了最后的立涌道館進行挑戰，比賽規則為全員大作戰小智6VS館主3，沒想到館主的實力極為強大，第一個出場的瓦斯彈就擊敗了地幔巖和高傲雉雞，好在保姆蟲發揮穩定戰勝殘血的瓦斯彈，見狀館主派出蜈蚣王上陣迎敵。
不過蜈蚣王雖然擊敗保姆蟲，可是卻被炒炒豬的火之誓言燃燒殆盡無力再戰，隨之館主派出終極王牌灰塵山作為壓軸，這只灰塵山異常剛猛，不僅用破壞光線正面轟穿火之誓言擊敗炒炒豬，更是用毒液沖擊侵蝕藍蟾蜍使其失去戰斗力，于是比賽進入最終對決小智派出皮卡丘。
剛一開場皮卡丘利用身法和電勁與對手纏斗，然而灰塵山的滔天毒氣鋪天蓋地，避無可避之下皮卡丘被正面擊中毒液入體，就此皮卡丘戰勝了強大的灰塵山，小智得到最后一枚徽章毒性徽章。
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