中山大學香港高等研究院院長徐某某回應Nature子刊論文的質疑？

近日，耿同學又質疑北中醫前校長、現中山大學香港高等研究院院長徐某某的論文數據存在問題。

論文被質疑以后作為通訊的作者的徐某某在Pubpeer 進行了回復與解釋，將數據存在異常的問題歸結于從Prism文件轉移到Excel電子表格 的過程中可能發生了錯誤，但質疑者并不滿意這個回復。

徐某某能夠親自回復說明兩點問題：第一他對論文被質疑的事情是知道的，第二，也檢查了論文的數據問題，并做出了一些解釋。

這倒是一個進步，因為對論文的質疑相當于學術的探討，能夠正面回復說明還是有進步的，至少體現了Pubpeer這個平臺的作用。

當然了，是否存在學術不端問題，還得經過調查，查看原始數據等。不過，這事情又發生在中山大學，而之前已經有帽子人才康某某、鄺某某被處理的先例，說明在那里學術不端不是孤例，感覺這篇論文也有點懸？

涉事論文為“Mitochondria-localised ZNFX1 functions as a dsRNA sensor to initiate antiviral responses through MAVS，Nature Cell Biology (2019) doi: 10.1038/s41556-019-0416-0，Yao Wang , Shaochun Yuan , Xin Jia , Yong Ge , Tao Ling , Meng Nie , Xihong Lan , Shangwu Chen , Anlong Xu。

該論文有三個共同第一作者，王某（博士后），元某某（教授）、賈某（副研究員）以及通訊作者徐某某。

論文的單位中山大學生命科學學院的生物防治國家重點實驗室 與廣東省藥用功能基因重點實驗室，和之前被通報處理的中山大學鄺某某是一個單位。

徐某某1963年出生，曾擔任中山大學副校長，北京中醫藥大學校長，帽子人才，現任中山大學香港高等研究院院長。

這篇論文在Pubpeer上有質疑的記錄，論文的通訊作者徐某某也在Pubpeer對質疑進行了回復。具體的質疑與回復內容如下：

擴展數據圖1b和1c之間的源數據存在顯著異常。所有66個小數位數值在三個生物學重復中完全相同，盡管這些數據集來自完全獨立的實驗。在相同顏色的矩形內，擴展數據圖1b和圖1c中同一行數據的后兩位小數完全相同。

在圖7b的源數據中，可以觀察到多個異常模式，這些模式存在于不同的處理條件和實驗條件下。

值得注意的是，在IFNB1 Mda5 -/- 條件下，重復1的數值與IFIT1 Mda5 -/- 條件下重復1的數值在加上100后完全匹配（以黃色背景高亮顯示）。

此外，IFNB1 Mda5 -/- 條件下重復2的單位和小數位數與IFIT1 Mda5 -/- 條件下重復2的單位和小數位數完全相同（以藍色背景高亮顯示，例如117.0412771和167.0412771這兩個數值具有相同的0.0412771的小數部分）。在IFNB1和IFIT1的WT和Rig-i -/- 條件下，某些數值也觀察到了類似的模式（也以藍色高亮顯示）。

此外，IFNB1 Mda5 -/- 條件下重復3的單位與IFIT1 Mda5 -/- 條件下重復3的單位相同（以綠色背景高亮顯示）。其小數部分也高度相似（例如130.2638262和180.2638226共享序列2638262，僅略微重排）。

論文被質疑以后，通訊作者徐某某直接在Pubpeer進行了回復，內容如下：

作為通訊作者，我想在此澄清整體背景。收到這些評論后，我們重新檢查了相關的源數據表格及相應的統計比較?；诖酥匦聶z查，我們想作出以下幾點說明。

首先，在稿件被原則性接收后，我們被要求在相對較短的時間內準備并上傳補充材料和源數據文件。這一最終文件準備階段需要將大量定量數值整理到提交的Excel源數據表格中。

其次，在此過程中，多個定量條目是從Prism文件中手動轉錄和整合到所提交的Excel文件中的。經過重新檢查，所高亮顯示的模式似乎反映了在數據轉移、復制粘貼處理及最終源數據整合過程中無意間引入的表格錄入問題。我們本應在檢查最終提交文件時更加謹慎，并對這些條目造成的混淆表示歉意。

第三，在審查了受影響的條目后，我們確認用于已發表柱狀圖及相應統計分析中的定量數值與論文中展示的結果保持一致。我們相信我們的數據是可重復的，結論是可靠的。
為了更具體地回應這兩條評論，第一作者提供了以下解釋。

對評論：擴展數據圖1b和1c / 流式細胞術siRNA篩選
我感謝評論者對擴展數據圖1b和1c的源數據進行仔細檢查，并給我們機會澄清這些數據的整理過程。擴展數據圖1b和1c來源于一項基于siRNA的流式細胞術篩選，旨在識別用于后續研究的候選基因。篩選的基因包括VSV感染后上調超過3倍的基因，如FFAR2、ZEB2、TIPARP、PTGS2、CMPK2、ZNFX1和CSRNP1，以及RNA解旋酶超家族1基因，包括DNA2、HELZ、IBP160、IGHMBP2、MOV10、HELZ2、SEXT、UPF1、ZNFX1、HELB、PIF1、LBA1和HFBH1。在準備最終源數據文件時，定量值從Prism文件轉移到了提交的Excel文件中。在此過程中，一些條目在復制粘貼處理和表格整合過程中無意中受到了影響。

總體而言，從該候選基因庫中選擇目標基因進行后續功能和機制研究，保留了其科學價值和意義。我們對這些表格錄入問題未能在出版過程中被發現表示遺憾，并感謝有機會澄清這一點。

對評論：圖7b / qPCR檢測IFNB1和IFIT1表達
我也感謝評論者指出圖7b的源數據中數值的相似性，并促使我們重新檢查該源數據表格。圖7b報告了在WT、Rig-i?/?、Mda5?/?和Mavs?/?細胞中Ifnb1和Ifit1表達的qPCR檢測結果。在準備最終源數據文件時，定量qPCR值從Prism文件轉移到了提交的Excel文件中。在此過程中，一些條目在復制粘貼處理和源數據整合過程中無意中受到了影響。
該圖應與圖7中的其他實驗結合解讀，包括圖7a中的過表達實驗、圖7c中的病毒RNA載量分析、圖7d,e中的VSV復制實驗，以及圖7f中的RNA測序數據。這些獨立的實驗共同支持了論文中所呈現的生物學解釋。我們對這些源數據表格錄入問題造成的混淆表示歉意，并感謝評論者對已發表數據的仔細閱讀。

當然，通訊作者徐某某回復以后質疑者對回復并不感到滿意，見下面的截圖。

質疑者認為作者將這些模式歸因于“復制粘貼處理和源數據整合”。然而，作者并未提供原始的Prism文件、更正后的源數據文件、審計跟蹤記錄，以及數據整合過程的詳細重建說明。因此，讀者無法評估所觀察到的異常情況是否符合簡單的筆誤，還是反映了數據來源方面更根本的問題。