Codex + Claude Code + Claude Science三智能體科研訓(xùn)練營

Codex 更像代碼工程師和分析審查員，負(fù)責(zé)寫代碼、跑分析、修報錯、檢查統(tǒng)計(jì)邏輯；Claude Code 更像科研項(xiàng)目經(jīng)理，負(fù)責(zé)搭建目錄、管理文件、梳理證據(jù)、生成報告和制作 PPT；Claude Science 則把文獻(xiàn)、數(shù)據(jù)、腳本、圖表和科研寫作連接成完整工作臺。

本次 Codex + Claude Code +Claude Science 三智能體科研訓(xùn)練營，系統(tǒng)實(shí)操AI智能體嵌入真實(shí)科研工作流。課程將從 0 搭建科研 AI 工作臺，覆蓋機(jī)制圖、PPT、綜述寫作、文獻(xiàn)檢索、課題設(shè)計(jì)、基金標(biāo)書、臨床數(shù)據(jù)，以及單細(xì)胞、空間轉(zhuǎn)錄組等CNS文章數(shù)據(jù)分析。

01

課程特色

1. 三智能體協(xié)同：從“會問 AI”升級到“會指揮 AI”干活
系統(tǒng)訓(xùn)練Codex + Claude Code+Claude Science的協(xié)同科研工作流。

2. 從 0 搭建科研 AI 工作臺：讓每個課題都有結(jié)構(gòu)、有記錄、可復(fù)查。把文獻(xiàn)、數(shù)據(jù)、腳本、圖表、PPT、標(biāo)書和報告全部放進(jìn)一個可管理、可追蹤、可復(fù)用的科研工作臺。

3. 覆蓋科研真實(shí)場景：機(jī)制圖、PPT、文件管理、綜述、標(biāo)書和課題設(shè)計(jì)全打通

4. CNS頂刊數(shù)據(jù)實(shí)戰(zhàn)：bulk、單細(xì)胞、空間轉(zhuǎn)錄組、代謝組、蛋白組、16S 和臨床數(shù)據(jù)全覆蓋

5. 強(qiáng)調(diào) Codex 交叉審查與 Claim 校準(zhǔn)：避免 AI 幻覺和過度解讀

6. 每節(jié)課都有明確課堂產(chǎn)出：不是聽完就忘，而是形成自己的科研資產(chǎn)

7. Skill 封裝：把一次課程變成長期可復(fù)用的科研工作流

02

課程費(fèi)用

費(fèi)用：原價2880元，暑期限時優(yōu)惠價2380

? 全方位學(xué)習(xí)： 直播授課 + 全套錄播（支持無限次回放）

? 教學(xué)答疑： 授課期間學(xué)習(xí)群內(nèi)導(dǎo)師一對一指導(dǎo)

? 配套資源： 全套核心skill、教學(xué)數(shù)據(jù)、精美講義

組團(tuán)更優(yōu)惠

兩人同行： 享 9折 優(yōu)惠

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03

課程核心模塊

課程總體分為六個模塊：

模塊一：科研 AI 工作臺基礎(chǔ)

建立 Codex + Claude Code+Claude Science 三智能體科研工作臺，系統(tǒng)搭建項(xiàng)目目錄、任務(wù)看板、版本記錄和隱私合規(guī)清單。同時覆蓋機(jī)制圖制作、PPT 生成、文件管理、項(xiàng)目資產(chǎn)盤點(diǎn)、論文圖表精修、服務(wù)器任務(wù)提交和 Claude Skills 使用，讓大家形成一套可長期復(fù)用的科研 AI 項(xiàng)目管理框架。

模塊二：智能體 + SCI 綜述寫作全流程

圍繞 SCI 綜述從選題到投稿的完整流程，訓(xùn)練學(xué)員判斷不同綜述類型，凝練有投稿空間的題目，并完成檢索式設(shè)計(jì)、文獻(xiàn)池構(gòu)建、精讀筆記、證據(jù)矩陣、Proposal、大綱、正文、總覽圖、三線表和投稿包。重點(diǎn)是讓智能體參與選題、檢索、證據(jù)整理、寫作、圖表規(guī)劃和修稿，把綜述寫作變成可復(fù)查、可迭代的工程化流程。

模塊三：智能體助力國自然標(biāo)書寫作

聚焦國自然標(biāo)書的 AI 輔助設(shè)計(jì)與寫作，先建立個人科研畫像，再讓 Codex 以評審專家視角評估候選方向。課程按照“方向—背景—問題—假說—目標(biāo)—技術(shù)路線—風(fēng)險方案”逐層推進(jìn)，完成立項(xiàng)依據(jù)、研究目標(biāo)、研究內(nèi)容、技術(shù)路線圖、創(chuàng)新點(diǎn)和可行性分析，并封裝為可反復(fù)調(diào)用的技能。

模塊四：課題設(shè)計(jì)與科研假說打磨

面向新課題、新方向和新文章框架設(shè)計(jì)，訓(xùn)練學(xué)員用 Claude Code 整理研究基礎(chǔ)，用 Codex 從導(dǎo)師和評審視角追問科學(xué)問題、核心假說和技術(shù)路線。課程將模糊想法拆解為科學(xué)問題樹，最終輸出課題題目、核心假說、研究目標(biāo)、技術(shù)路線圖、創(chuàng)新點(diǎn)、風(fēng)險替代方案和完整課題設(shè)計(jì)書，并封裝為新SKILL。

模塊五：智能體復(fù)現(xiàn)頂刊多組學(xué)數(shù)據(jù)分析

用 Codex + Claude Code 零代碼復(fù)現(xiàn)CNS頂刊多組學(xué)分析。覆蓋bulk RNA、單細(xì)胞、空間轉(zhuǎn)錄組、代謝組與蛋白多組學(xué)，以及 16S 測序數(shù)據(jù)。每類數(shù)據(jù)都會完整跑通數(shù)據(jù)定位、文件審計(jì)、分組檢查、代碼生成、圖表輸出、結(jié)果解釋、Codex 審查和 Skill 封裝。

模塊六：臨床科研 AI 工作臺與論文投稿閉環(huán)

面向臨床醫(yī)生和醫(yī)學(xué)科研人員，搭建從臨床研究設(shè)計(jì)、電子病歷清洗、統(tǒng)計(jì)建模、SCI 圖表到論文投稿的完整 AI 工作流。課程覆蓋 PICO/PECO 研究設(shè)計(jì)、入排標(biāo)準(zhǔn)、變量字典、統(tǒng)計(jì)分析計(jì)劃、數(shù)據(jù)脫敏、Table 1、回歸分析、生存分析、PSM、亞組分析和交互作用，最后由 Claude Code 生成論文初稿，Codex 完成統(tǒng)計(jì)審查、結(jié)果校準(zhǔn)和投稿生成。

04

課程具體內(nèi)容

模塊一：科研 AI 工作臺基礎(chǔ)第一節(jié)課：科研 AI 工作臺部署

1. 理解 Codex、Claude Code、Claude Science 在科研中的不同分工。

2. 搭建科研 AI 工作臺三層結(jié)構(gòu)：資料層、執(zhí)行層、審查層。

3. Codex 從 0 建立醫(yī)學(xué)科研 AI 項(xiàng)目目錄。

4. 編寫 README、AGENTS.md、CLAUDE.md 和 CODEX_REVIEWER.md。

5. 建立任務(wù)看板、版本記錄和人工核查機(jī)制。

6. 搭建 Claude Science 工作臺入口，整合文獻(xiàn)、繪圖、生信、實(shí)驗(yàn)記錄和團(tuán)隊(duì)協(xié)作。

課堂產(chǎn)出：項(xiàng)目文件夾、AI 行為規(guī)則文件、任務(wù)看板、版本記錄表和隱私合規(guī)清單。

第二節(jié)課：Codex 制作文章機(jī)制圖

1. Codex 從一句話科學(xué)假說拆解成機(jī)制鏈條。掌握機(jī)制圖四層結(jié)構(gòu)：場景、角色、關(guān)系、證據(jù)。

2. Codex 建立機(jī)制元素表和機(jī)制關(guān)系表。

3. 使用 Codex 生成 Mermaid、SVG 和 PPT 可編輯圖稿。

4. Codex 進(jìn)行機(jī)制箭頭證據(jù)映射和人工審核。

5. 聯(lián)合 Claude Science、BioRender 和 PPT 進(jìn)行后期精修。

課堂產(chǎn)出：機(jī)制圖草圖、SVG 文件、圖注和證據(jù)檢查表。

第三節(jié)課：Claude Code 做 PPT

1. 理解 Claude Code 作為 PPT 工程師和科研表達(dá)助理的角色。

2. 用 Claude Code 讀取項(xiàng)目目錄，盤點(diǎn)可用素材。

3. Claude Code 從材料清單生成 PPT 故事線。

4. 設(shè)計(jì)逐頁大綱：頁標(biāo)題、核心信息、所需圖片和講者備注。

5. Claude Code 生成組會版、基金答辯版和論文匯報版 PPT。

6. 對 PPT 進(jìn)行科學(xué)審查：結(jié)論是否超過證據(jù)、圖文是否匹配、縮寫是否解釋。

課堂產(chǎn)出：Claude Code 創(chuàng)建10 頁組會 PPT 大綱、講者備注和 PPT 初稿。

第四節(jié)課：Claude Code 做文件管理

1. 訓(xùn)練 Claude Code 作為科研項(xiàng)目秘書，管理項(xiàng)目資產(chǎn)。

2. Claude Code 搭建科研項(xiàng)目標(biāo)準(zhǔn)目錄。

3. 制定文件命名規(guī)范：日期、主題、版本和作者。

4. Claude Code 對文獻(xiàn)、圖表、代碼、PPT 和標(biāo)書材料進(jìn)行資產(chǎn)盤點(diǎn)。

5. 建立文件關(guān)系映射：證據(jù)表、機(jī)制圖、PPT、標(biāo)書之間如何互相連接。

6. 完成版本管理、重復(fù)文件識別、缺失材料檢查和 final_package 輸出。

7. Claude Code 建立私人文獻(xiàn)知識庫，對本地 PDF 文件夾建立 RAG 向量索引，后續(xù)用自然語言檢索和提問。

課堂產(chǎn)出：項(xiàng)目資產(chǎn)盤點(diǎn)表、命名規(guī)范、版本記錄和最終項(xiàng)目包清單。

第五節(jié)課：Claude Science 科研全能工作臺

1. 理解 Claude Science 在科研中的定位：把文獻(xiàn)、數(shù)據(jù)、腳本、分析、服務(wù)器計(jì)算和圖表交付串起來。

2. 搭建 project card、data、scripts、results、figures、provenance 標(biāo)準(zhǔn)目錄。

3. Claude Science 從差異分析表、單細(xì)胞對象、空間數(shù)據(jù)、臨床數(shù)據(jù)和綜述證據(jù)矩陣出發(fā)生成科研圖表。

4. 完成火山圖、熱圖、UMAP、DotPlot、KM 曲線、森林圖、機(jī)制圖和 Fig.1 總覽圖設(shè)計(jì)。

5. Claude Science 精修論文級圖表：統(tǒng)一 panel、字體、標(biāo)簽、圖例、顏色、統(tǒng)計(jì)標(biāo)注、分辨率和導(dǎo)出格式。

6. 掌握 AI 修圖規(guī)范：只做規(guī)范化表達(dá)，不改變數(shù)據(jù)事實(shí)，保留原圖、代碼、參數(shù)和修改記錄。

7. 連接 SSH/HPC/Slurm，完成遠(yuǎn)程服務(wù)器任務(wù)提交、日志監(jiān)控、結(jié)果下載和失敗排查。

8. Claude Science 根據(jù)任務(wù)選擇文獻(xiàn)分析、單細(xì)胞、空間組學(xué)、蛋白組、結(jié)構(gòu)生物學(xué)、化學(xué)信息學(xué)、圖表設(shè)計(jì)或服務(wù)器計(jì)算 Skill。

課堂產(chǎn)出：科研項(xiàng)目結(jié)構(gòu)、作圖任務(wù)卡、修圖 checklist、服務(wù)器任務(wù)模板、Skill 選擇表、Fig.1 設(shè)計(jì)說明和可復(fù)現(xiàn)記錄表。

模塊二：AI + SCI 綜述寫作全流程第六節(jié)課：AI + SCI 綜述文章思路解讀

1. Codex 拆解 SCI 綜述發(fā)文邏輯：科學(xué)問題、研究空白、證據(jù)層級、圖表論證和投稿表達(dá)。

2. 判斷不同綜述類型：Narrative Review、Systematic Review、Scoping Review 和 Meta-analysis。

3. Codex 建立智能體寫綜述完整流程：選題 → 檢索 → 文獻(xiàn)池 → 精讀 → 證據(jù)矩陣 → 大綱 → 正文 → 投稿。

4. 學(xué)習(xí)選題收縮公式：領(lǐng)域 + 對象 + 機(jī)制 + 場景 + 新視角 + 核心問題。

5. Codex 建立選題評分矩陣：新穎性、文獻(xiàn)量、碰撞風(fēng)險、可聚焦性、作者優(yōu)勢、投稿空間和圖表潛力。

6. 檢查已有綜述，判斷題目是否已經(jīng)被寫爛，是否還有差異化空間。

課堂產(chǎn)出：個人項(xiàng)目卡、候選題目表、選題評分表、最終題目和一句話中心問題。

第七節(jié)課：智能體對 SCI 文獻(xiàn)檢索式設(shè)計(jì)與第一版文獻(xiàn)池構(gòu)建

1. Codex 將綜述題目拆成 2–5 個可檢索概念塊。

2. 完成中文關(guān)鍵詞到英文專業(yè)術(shù)語校準(zhǔn)：MeSH、WOS Topic、標(biāo)題摘要高頻詞。

3. 擴(kuò)展同義詞、縮寫、拼寫變體和領(lǐng)域表達(dá)。

4. Codex 設(shè)計(jì) PubMed 寬泛版、適量版和精準(zhǔn)版檢索式。

5. 做 Review 碰撞檢索，判斷已有綜述和差異化空間。

6. 建立檢索日志：數(shù)據(jù)庫、日期、檢索式、命中量、導(dǎo)出量、格式和限制條件。

7. Codex 建立第一版文獻(xiàn)池：大文獻(xiàn)池、核心文獻(xiàn)池和關(guān)鍵證據(jù)池。

課堂產(chǎn)出：檢索式、檢索日志、已有綜述碰撞表和第一版文獻(xiàn)池字段表。

第八節(jié)課：對標(biāo)綜述、文獻(xiàn)篩選、精讀筆記與證據(jù)矩陣

1. Codex 建立 5–10 篇高質(zhì)量對標(biāo)綜述庫。

2. 拆解對標(biāo)綜述的標(biāo)題、摘要、章節(jié)、圖表、論證順序和未來方向。

3. Codex 完成文獻(xiàn)去重和元數(shù)據(jù)清洗：DOI、PMID、標(biāo)題、作者、年份。

4. 對文獻(xiàn)進(jìn)行強(qiáng)相關(guān)、中等相關(guān)、弱相關(guān)和待人工核查分類。

5. 建立文獻(xiàn)二級分類：背景、機(jī)制、技術(shù)、證據(jù)、爭議、局限、應(yīng)用和未來方向。

6. Codex 建立標(biāo)準(zhǔn)核心文獻(xiàn)表：PMID/DOI、研究類型、關(guān)鍵發(fā)現(xiàn)、支撐章節(jié)、證據(jù)強(qiáng)度、局限和引用句。

7. 建立精讀筆記和綜述素材筆記，把文獻(xiàn)轉(zhuǎn)化為背景、機(jī)制、爭議、圖表和正文素材。

8. Codex 建立證據(jù)矩陣：章節(jié)、核心論點(diǎn)、支撐文獻(xiàn)、證據(jù)類型、證據(jù)強(qiáng)度、沖突證據(jù)和可用圖表。

課堂產(chǎn)出：對標(biāo)綜述學(xué)習(xí)表、文獻(xiàn)篩選表、精讀筆記、綜述素材筆記和證據(jù)矩陣。

第九節(jié)課：Proposal、大綱、正文寫作與綜述圖表系統(tǒng)

1. Codex 將中心問題拆成 4–6 個子問題。

2. 學(xué)習(xí)三種綜述大綱結(jié)構(gòu)：機(jī)制遞進(jìn)型、問題解決型和證據(jù)地圖型。

3. Codex 完成 Proposal 寫作：題目、中心問題、研究空白、差異化、章節(jié)安排和圖表計(jì)劃。

4. 搭建 Introduction 邏輯鏈：背景 → 進(jìn)展 → 缺口 → 必要性 → 本文范圍。

5. Codex 訓(xùn)練主體段落寫作：主題句、證據(jù)句、比較句、解釋句、綜合句和過渡句。

6. 學(xué)習(xí)智能體分階段寫作，不一鍵全文生成，每次只寫一個章節(jié)或段落。

7. 設(shè)計(jì)綜述圖表系統(tǒng)：Fig.1 總覽圖、機(jī)制圖、證據(jù)地圖、分類矩陣、時間線和未來方向圖。

8. 設(shè)計(jì)三線表：核心研究證據(jù)表、機(jī)制/通路比較表和轉(zhuǎn)化策略表。

9. Codex 做圖表反模板審查：無證據(jù)箭頭、無意義顏色、偽造關(guān)系、圖文重復(fù)和標(biāo)簽混亂。

課堂產(chǎn)出：Proposal、大綱、Introduction 邏輯鏈、主體段落初稿、Fig.1 設(shè)計(jì)說明和表格規(guī)劃。

第十節(jié)課：審稿人視角修訂、引用核查、降 AI 味、選刊與投稿包

1. Codex 模擬編輯和審稿人評估：創(chuàng)新性、結(jié)構(gòu)、證據(jù)、圖表、引用和期刊匹配。

2. 拆解常見退稿原因：選題重復(fù)、主線混亂、引用薄弱、圖表低質(zhì)和目標(biāo)期刊不匹配。

3. Codex 建立 Revision checklist：結(jié)構(gòu)問題、證據(jù)問題、表達(dá)問題和格式問題。

4. 完成引用核查：文獻(xiàn)是否存在、對象是否匹配、是否支持當(dāng)前句子、引用位置是否準(zhǔn)確。

5. Codex 建立 AI 防幻覺清單：不編 DOI、PMID、作者、年份、數(shù)據(jù)和機(jī)制關(guān)系。

6. 訓(xùn)練降 AI 味寫作：去掉模板化表達(dá)，提高信息密度和作者判斷。

7. 進(jìn)行目標(biāo)期刊反向?qū)懽鳎簊cope、review policy、近期綜述、圖表數(shù)量、參考文獻(xiàn)數(shù)量和 APC。

8. Codex 完成 Cover Letter 和投稿包整理。

課堂產(chǎn)出：模擬審稿意見、修訂清單、引用核查表、目標(biāo)期刊表、Cover Letter 和投稿前 checklist。

模塊三：國自然 AI 工作臺與標(biāo)書寫作第十一節(jié)課：科研畫像構(gòu)建與國自然 AI 工作臺搭建

1. Codex 建立個人國自然 AI 項(xiàng)目文件夾。

2. 用 Claude Code 記錄研究身份、研究方向、前期基礎(chǔ)和標(biāo)書偏好。

3. 建立 research_profile.md、previous_foundation.md 和 style_guide.md。

4. Codex 編寫 CLAUDE.md，讓 Claude Code 生成內(nèi)容越來越貼合你的學(xué)術(shù)身份。

5. 編寫 CODEX_REVIEWER.md，讓 Codex 扮演基金委評審專家。

6. Codex 根據(jù)科研畫像生成 3 個候選課題方向。

7. 讓 Codex 從創(chuàng)新性、可行性、前期基礎(chǔ)和風(fēng)險角度打分。

課堂產(chǎn)出：科研畫像、前期基礎(chǔ)表、AI 行為文件、候選課題方向和評分表。

第十二節(jié)課：結(jié)構(gòu)化生成立項(xiàng)依據(jù)與研究目標(biāo)

1. 不再一次性讓 AI 寫完整標(biāo)書，而是按照“方向 → 背景 → 問題 → 假說 → 目標(biāo)”逐層推進(jìn)。

2. 用 Claude Code 生成研究背景、研究現(xiàn)狀和文獻(xiàn)缺口。

3. 用 Codex 審查背景是否空泛、缺口是否真實(shí)、邏輯是否跳躍。

4. 訓(xùn)練科學(xué)問題提煉公式。

5. Codex 生成可驗(yàn)證的核心假說。

6. 將研究目標(biāo)拆成三層：現(xiàn)象關(guān)聯(lián)、機(jī)制因果、干預(yù)轉(zhuǎn)化。

7. Codex 生成研究內(nèi)容和立項(xiàng)依據(jù) v01。

課堂產(chǎn)出：科學(xué)問題樹、核心假說、三個研究目標(biāo)、研究內(nèi)容拆解表和立項(xiàng)依據(jù)草案。

第十三節(jié)課：技術(shù)路線、雙 AI 評審與專屬 Skill 封裝

1. Codex 將研究目標(biāo)轉(zhuǎn)化為“目標(biāo)—方法—指標(biāo)—預(yù)期結(jié)果—風(fēng)險—替代方案”表。

2. Codex 生成技術(shù)路線圖 Mermaid / SVG。

3. Claude Code 生成技術(shù)路線文字說明。

4. 設(shè)計(jì)預(yù)期結(jié)果、創(chuàng)新點(diǎn)、可行性和風(fēng)險替代方案。

5. Codex 進(jìn)行三輪評審：科學(xué)邏輯、方法學(xué)路線和標(biāo)書表達(dá)。

6. Claude Code 根據(jù)評審意見逐項(xiàng)修訂。

7. 輸出立項(xiàng)依據(jù) AI 輔助版 v03。

8. 將整套流程封裝成專屬 NSFC_GRANT_SKILL.md。

課堂產(chǎn)出：技術(shù)路線圖、創(chuàng)新點(diǎn)、風(fēng)險替代方案、Codex 評審意見、修訂記錄和專屬國自然寫作 Skill。

模塊四：課題設(shè)計(jì)與科研假說打磨第十四節(jié)課：科研畫像與領(lǐng)域定位

1. Codex 建立課題設(shè)計(jì) AI 項(xiàng)目文件夾。

2. 用 Claude Code 記錄研究身份、研究方向、技術(shù)棧、發(fā)表基礎(chǔ)和前期數(shù)據(jù)。

3. 建立 research_profile.md、technical_stack.md 和 publication_foundation.md。

4. 編寫 CLAUDE.md，讓 Claude Code 每次生成都貼合你的科研身份。

5. 編寫 CODEX_REVIEWER.md，讓 Codex 像導(dǎo)師和評審一樣挑錯。

6. 根據(jù)科研畫像生成穩(wěn)妥型、平衡型和高沖擊型候選方向。

7. Codex 從基礎(chǔ)匹配、技術(shù)可行、創(chuàng)新性和風(fēng)險角度打分。

課堂產(chǎn)出：科研畫像、領(lǐng)域定位表、候選方向和評分表。

第十五節(jié)課：科學(xué)問題凝練與核心假說打磨

1. Codex 區(qū)分模糊想法、研究方向、科學(xué)問題和課題題目。

2. 用 Claude Code 把模糊想法拆成科學(xué)問題樹。

3. Codex 多輪追問：問題是否太大、是否可驗(yàn)證、是否只是相關(guān)性。

4. 訓(xùn)練科學(xué)問題公式：疾病/場景 + 對象 + 機(jī)制 + 表型 + 缺口。

5. Codex 生成核心假說 v01、v02、v03。

6. 檢查假說是否能被實(shí)驗(yàn)、數(shù)據(jù)或模型驗(yàn)證。

7. Codex 生成 5 個課題題目版本，并用評分矩陣選擇最優(yōu)題目。

課堂產(chǎn)出：科學(xué)問題樹、核心假說、題目評分矩陣和最終課題邊界。

第十六節(jié)課：研究設(shè)計(jì)、創(chuàng)新點(diǎn)識別與 Skill 封裝

1. Codex 將核心假說拆成三個研究目標(biāo)：發(fā)現(xiàn)定位、機(jī)制因果、干預(yù)轉(zhuǎn)化。

2. Codex 建立目標(biāo)—方法—證據(jù)矩陣。

3. 設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)分組、驗(yàn)證策略、預(yù)期結(jié)果和風(fēng)險替代方案。

4. Codex 生成技術(shù)路線圖 Mermaid / SVG。

5. Claude Code 生成技術(shù)路線文字說明。

6. Codex 進(jìn)行三輪評審：科學(xué)邏輯、方法學(xué)可行性、創(chuàng)新性和成果轉(zhuǎn)化。

7. Claude Code 根據(jù)評審意見逐項(xiàng)修訂。

8. 封裝成專屬 TOPIC_DESIGN_SKILL.md，下次輸入關(guān)鍵詞即可啟動。

課堂產(chǎn)出：完整課題設(shè)計(jì)書、技術(shù)路線圖、創(chuàng)新點(diǎn)、風(fēng)險替代方案和專屬 Skill。

模塊五：雙 AI 智能體復(fù)現(xiàn)頂刊多組學(xué)數(shù)據(jù)分析第十七節(jié)課：雙 AI 智能體分析 Nature 主刊 bulk RNA 數(shù)據(jù)

1. 從 Nature 文章 Data availability 找到 GEO 編號、表達(dá)矩陣和樣本分組。

2. Claude Code 建立項(xiàng)目目錄、保存輸入輸出、管理腳本和結(jié)果。

3. Codex 作為生信工程師生成 R 代碼并執(zhí)行分析。

4. 審計(jì)表達(dá)矩陣：判斷 TPM、count 還是 log2 表達(dá)矩陣。

5. Codex 檢查樣本名、分組、缺失值、重復(fù)基因和 logFC 比較方向。

6. 使用 limma 完成差異分析，輸出全部基因、上調(diào)基因、下調(diào)基因和閾值說明。

7. 繪制火山圖、top5 上下調(diào)基因熱圖和 Nat8 小提琴圖。

8. Codex 審查分組方向、logFC 方向、P 值/FDR 使用和結(jié)論邊界。

9. Claude Code 自動生成中文分析報告，并封裝為可遷移 Skill。

課堂產(chǎn)出：差異分析結(jié)果表、火山圖、熱圖、小提琴圖、中文分析報告和 bulk RNA 分析 Skill。

第十八節(jié)課：雙 AI 智能體分析 Nature 單細(xì)胞數(shù)據(jù)

1. Claude Code 建立項(xiàng)目目錄、記錄輸入輸出和結(jié)果報告。

2. Codex 作為 Seurat 生信工程師生成代碼并執(zhí)行分析。

3. 讀取單細(xì)胞矩陣，計(jì)算 nFeature、nCount 和 percent.mt。

4. Codex 完成細(xì)胞過濾和 QC 圖輸出。

5. 完成標(biāo)準(zhǔn) Seurat 流程：Normalize、HVG、Scale、PCA、FindClusters、RunUMAP。

6. Codex 識別各 cluster 的 marker 基因。

7. 結(jié)合 marker 規(guī)則、自動注釋和人工校正，生成細(xì)胞類型注釋表和注釋版 UMAP。

8. 繪制每個細(xì)胞類型 top3 marker 氣泡圖。

9. Codex 審查代碼、QC 參數(shù)、marker 合理性和注釋風(fēng)險。

課堂產(chǎn)出：Seurat 對象、QC 圖、聚類 UMAP、注釋 UMAP、marker 表、氣泡圖、中文報告和單細(xì)胞分析 Skill。

第十九節(jié)課：雙 AI 智能體分析 Science 文章空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)

1. Claude Code 建立空間組學(xué)項(xiàng)目目錄，管理輸入輸出和分析報告。

2. Codex 作為空間組學(xué)生信工程師生成代碼、跑分析和修報錯。

3. 讀取組織圖像和空間坐標(biāo)，完成 spot 級 QC、過濾和基礎(chǔ)可視化。

4. Codex 完成 Normalize、PCA、FindClusters 和 UMAP。

5. 輸出 UMAP cluster 圖、spatial cluster 圖和 top genes spatial 表達(dá)圖。

6. 根據(jù) marker 基因識別 Villous_Trophoblast、Syncytiotrophoblast、Macrophage、Decidual_Stromal、Glandular_Epithelial、Fibroblast 等胎盤相關(guān)區(qū)域。

7. 分析空間鄰近、空間排斥和空間聚集，輸出共定位網(wǎng)絡(luò)、空間相關(guān)熱圖和 Moran’s I 結(jié)果。

8. Codex 使用 CellChat 推斷不同空間區(qū)域之間的配體-受體通訊，重點(diǎn)解析 COLLAGEN、LAMININ、FN1、SPP1、PECAM1、NOTCH、VEGF 等信號通路。

9. Codex 檢查代碼、參數(shù)、圖表和過度解讀；Claude Code 輸出完整中文分析報告。

課堂產(chǎn)出：空間組學(xué)對象、QC 圖、空間聚類圖、空間 marker 圖、共定位網(wǎng)絡(luò)、Moran’s I 結(jié)果、CellChat 通訊結(jié)果、中文報告和空間轉(zhuǎn)錄組分析 Skill。

第二十節(jié)課：雙 AI 智能體分析 Cell 文章代謝和蛋白多組學(xué)數(shù)據(jù)

1. Codex 識別 RNA-seq、非靶向代謝組和 IP-MS 免疫沉淀質(zhì)譜數(shù)據(jù)。

2. Codex 為代謝組/蛋白組工程師生成代碼、跑分析和修報錯。

3. 審計(jì)代謝組數(shù)據(jù)：識別三組樣本和 QC 樣本。

4. Codex 檢查 m/z、保留時間、離子模式、代謝物注釋、樣本豐度和缺失值。

5. 繪制三組火山圖、組合火山圖、Top10 上調(diào) + Top10 下調(diào)代謝物熱圖。

6. 進(jìn)行 KEGG/MetaboAnalyst 通路富集，重點(diǎn)解釋脂質(zhì)代謝、有機(jī)酸代謝、色氨酸代謝、Pantothenate and CoA biosynthesis 等通路。

7. Codex 解析 IP-MS 數(shù)據(jù)，篩選高可信蛋白、重疊蛋白和候選 XRCC1 相關(guān)互作網(wǎng)絡(luò)。

8. 構(gòu)建 metabolite-pathway-protein-function 映射表，把差異代謝物、通路富集和 IP-MS 蛋白網(wǎng)絡(luò)整合為機(jī)制證據(jù)鏈。

9. Codex 審查分組、閾值、p 值、代謝物 ID、IP-MS 互作解釋和過度結(jié)論。

課堂產(chǎn)出：差異代謝物表、火山圖、熱圖、通路富集結(jié)果、IP-MS 蛋白互作表、多組學(xué)機(jī)制映射表、中文報告和代謝組/蛋白組分析 Skill。

第二十一節(jié)課：雙 AI 智能體分析 Nature Microbiology 文章 16S 測序數(shù)據(jù)

1. Codex 拆解 Nature Microbiology 文章中多種微量營養(yǎng)素缺乏如何重塑腸道菌群、機(jī)會致病菌和抗性相關(guān)生態(tài)。

2. Codex從原始 reads 到 OTU/ASV、物種注釋、α/β 多樣性、差異菌群和功能預(yù)測。

3. Codex 為 16S 數(shù)據(jù)生成 R/phyloseq/vegan 分析代碼。

4. 審計(jì) metadata 和豐度表：檢查 Sample、Diet、Day、Group、MDB_ID。

5. 繪制門、科、屬、種水平堆積柱狀圖，展示 CON 與 LM 在 Day 0 和 Day 28 的群落組成變化。

6. Codex 繪制 Bray–Curtis PCoA，并用 PERMANOVA 檢驗(yàn)組間差異。

7. Codex 識別 Enterobacteriaceae、Klebsiella、Escherichia 等候選菌群變化。

8. 用 PICRUSt2、相關(guān)網(wǎng)絡(luò)和隨機(jī)森林拓展功能解釋，但區(qū)分預(yù)測結(jié)果、相關(guān)結(jié)果和實(shí)驗(yàn)證據(jù)。

9. Codex 檢查分組、代碼、統(tǒng)計(jì)、圖表和過度解釋，避免把 16S 結(jié)果寫成宏基因組功能或因果證明。

課堂產(chǎn)出：phyloseq 對象、菌群組成圖、α 多樣性圖、β 多樣性 PCoA、差異菌群結(jié)果、功能預(yù)測結(jié)果、中文報告和 16S 分析 Skill。

模塊六：臨床科研 AI 工作臺與論文投稿閉環(huán)第二十二節(jié)課：臨床科研 AI 工作臺與研究方案設(shè)計(jì)

1. 理解 Claude Code 和 Codex 在臨床科研中的分工。

2. 編寫 CLAUDE.md 和 CODEX_REVIEWER.md。

3. Codex 用 PICO/PECO 設(shè)計(jì)回顧性隊(duì)列研究問題。

4. 制定入排標(biāo)準(zhǔn)、暴露因素、結(jié)局指標(biāo)和協(xié)變量。

5. Codex 建立變量字典和統(tǒng)計(jì)分析計(jì)劃。

6. 明確醫(yī)療數(shù)據(jù)脫敏和 PHI 上傳紅線。

課堂產(chǎn)出：項(xiàng)目環(huán)境、研究問題卡、變量字典、入排標(biāo)準(zhǔn)和脫敏清單。

第二十三節(jié)課：電子病歷數(shù)據(jù)清洗、Table 1 與基礎(chǔ)統(tǒng)計(jì)

1. Codex 導(dǎo)入 CSV/Excel 電子病歷數(shù)據(jù)。

2. 完成數(shù)據(jù)審計(jì)：樣本量、缺失、異常值、重復(fù)患者和變量類型。

3. Codex 進(jìn)行醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)清洗：缺失值、多重插補(bǔ)、異常檢驗(yàn)值和連續(xù)變量分類化。

4. 一鍵生成 Table 1：連續(xù)變量、分類變量、P 值、缺失值和 SMD。

5. Codex 審查 Table 1：統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)是否正確、變量是否合理。

課堂產(chǎn)出：清洗數(shù)據(jù)、數(shù)據(jù)審計(jì)報告、Table 1 和 P 值校驗(yàn)報告。

第二十四節(jié)課：回歸建模、生存分析、PSM 與臨床統(tǒng)計(jì)閉環(huán)

1. Codex 區(qū)分 Logistic、線性回歸和 Cox 回歸的適用場景。

2. Codex 構(gòu)建單因素和多因素模型。

3. 完成 Kaplan-Meier 和 Log-rank 檢驗(yàn)。

4. 檢查 Cox 比例風(fēng)險假設(shè)。

5. Codex 完成 PSM 傾向性評分匹配和匹配后平衡評估。

6. 完成亞組分析和交互作用分析。

7. Codex 作為統(tǒng)計(jì) Reviewer 檢查模型漏洞。

課堂產(chǎn)出：回歸表、Cox 表、PSM 表、Love plot 和統(tǒng)計(jì)審稿意見。

第二十五節(jié)課：SCI 臨床醫(yī)學(xué)繪圖與論文初稿生成

1. Codex 學(xué)習(xí)投稿級臨床圖表標(biāo)準(zhǔn)。

2. 繪制臨床四大名圖：Kaplan-Meier、Forest plot、ROC 和 Nomogram。

3. Codex 繪制患者入組流程圖和多 panel 圖。

4. Claude Code 根據(jù)統(tǒng)計(jì)結(jié)果自動生成 Results。

5. 按 STROBE 寫作 Title、Abstract、Methods、Results 和 Discussion。

6. 在 Discussion 中寫清臨床意義、文獻(xiàn)對比、局限性和未測量混雜因素。

7. Codex 審圖：坐標(biāo)軸、單位、CI、圖例和正文引用是否對應(yīng)。

課堂產(chǎn)出：3–5 張 SCI 圖表、圖注和 STROBE 論文初稿。

第二十六節(jié)課：Codex 交叉審稿、Claim 校準(zhǔn)與投稿包生成

1. Codex 扮演臨床期刊 Reviewer，對初稿打分和挑錯。

2. 識別 Overclaim、文獻(xiàn)遺漏、統(tǒng)計(jì)漏洞和圖表問題。

3. Codex 進(jìn)行雙 AI 三輪迭代：醫(yī)學(xué)措辭、機(jī)制討論和統(tǒng)計(jì)薄弱點(diǎn)。

4. 完成臨床 Claim 校準(zhǔn)：從“證明有效”改成“與結(jié)局改善相關(guān)”。

5. Codex 完成醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)倫理、AI 使用披露、Prompt 日志和代碼版本控制。

6. 整理引用格式和目標(biāo)期刊格式。

7. Claude Code 生成帶圖表的完整 DOCX。

8. Cover Letter 提煉 clinical implications。

9. 生成投稿 checklist，完成投稿前最終核查。

課堂產(chǎn)出：AI 審稿意見、Claim 校準(zhǔn)表、修訂稿、Cover Letter 和投稿 checklist。

05

機(jī)構(gòu)和講師介紹

華哥科研平臺

授課理念：將CNS文章的新技術(shù)學(xué)懂（理解）、學(xué)會（會敲代碼分析）、學(xué)透徹（站在課題頂層設(shè)計(jì)角度理解）、學(xué)以致用（用到自己的標(biāo)書申請和文章發(fā)表中）。

初心使命：普及前沿技術(shù)，服務(wù)科研一線，賦能創(chuàng)新突破，助推生命科學(xué)進(jìn)步

主講老師（一）

許萬喆，東京大學(xué)計(jì)算生物學(xué)及醫(yī)學(xué)科學(xué)博士，日本科學(xué)技術(shù)振興機(jī)構(gòu)（JST）次世代研究員，劍橋大學(xué)生物化學(xué)系及毒理學(xué)研究中心訪問學(xué)者。長期從事人工智能與生命科學(xué)交叉算法，蛋白質(zhì)基礎(chǔ)模型以及臨床隊(duì)列多模態(tài)模型開發(fā)；當(dāng)前研究方向聚焦于人工智能體以及空間蛋白組學(xué)基礎(chǔ)大模型研發(fā)。發(fā)表nature子刊等論文多篇；與歐洲生物信息學(xué)研究所（EMBL-EBI），國際通用蛋白質(zhì)資源數(shù)據(jù)庫（UniProt）長期合作，參與多項(xiàng)國際計(jì)算蛋白項(xiàng)目，著眼于AI驅(qū)動的生命科學(xué)新發(fā)現(xiàn)。

主講老師（二）

楊奕濤，東京大學(xué)醫(yī)學(xué)科學(xué)研究所助理教授，日本學(xué)術(shù)振興會（JSPS）特別研究員，長期深耕深度學(xué)習(xí)算法、醫(yī)療AI與空間組學(xué)交叉領(lǐng)域，積累了豐富的科研實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)；現(xiàn)致力于多模態(tài)融合、生物醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)大模型開發(fā)及轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)相關(guān)算法研究。發(fā)表Nature Communications等SCI期刊發(fā)表論文多篇；與中日及歐美頂尖計(jì)算生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室深度合作，參與多項(xiàng)國際前沿科研項(xiàng)目，致力于以人工智能驅(qū)動生命科學(xué)新發(fā)現(xiàn)。

主講老師（三）

張振華，華哥生信創(chuàng)始人，目前在東京大學(xué)從事醫(yī)學(xué)人工智能研究。深耕單細(xì)胞多組學(xué)、空間轉(zhuǎn)錄組與機(jī)器學(xué)習(xí)領(lǐng)域6年，培養(yǎng)學(xué)員3萬余人 ; 指導(dǎo)學(xué)員發(fā)表CNS主刊文章18篇、一區(qū)及子刊100余篇 ; 參與國自然重點(diǎn)、國家重大專項(xiàng)、孔雀計(jì)劃等項(xiàng)目申報;合作院士團(tuán)隊(duì)及國際頂尖實(shí)驗(yàn)室，發(fā)表SCI論文26篇（Sci.Adv、Mol Cell、PNAS、JACS、NC、Cell Rep Med、Mol Cancer、EMBO Mol Med等頂刊）。

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