海南
另一邊銀河隊和獵人J聯手不斷展開行動，他們不僅得到了最后一個召喚材料赤色鎖，獵人J更是分別抓捕了三只剛剛蘇醒的眾湖之神。但是艾姆利多和由克希的反擊將獵人J的飛艇擊落湖底，獵人J生死不明。
如今銀河隊集齊全部材料準備召喚傳說中的寶可夢，而首領赤木則是通過赤色鎖操縱了三只眾湖之神。為了阻止銀河隊的邪惡計劃，城奈、小智、小茂甚至是火箭隊都紛紛展開行動。不過當大家趕到時銀河隊已經完成了召喚儀式。
雖然眾人奮力破壞了赤色鎖讓眾湖之神恢復神智，可是帝牙盧卡和帕魯奇亞已經當空出現，并被赤木用赤色圓環操縱意志。隨即赤木要求兩大神之寶可夢進行世界的毀滅重塑，一時間風雷驟起，電光涌動，赤木面前出現了一個世界雛形。千鈞一發之際眾人指揮寶可夢攻擊赤色圓環，而恢復神智的眾湖之神也幫助大家抵御攻擊。
激烈的交鋒之后赤色圓環終于被成功破壞，因此帝牙盧卡和帕魯奇亞不受操控停止了世界的毀滅和創造。此刻看著行將消散的世界之門，赤木毅然投身其中，這是屬于他的新世界，甚至不愿意讓部下也一同前往。最終赤木和新世界之門一同消失在空間之中，眾湖之神也平復了帝牙盧卡和帕魯奇亞的憤怒情緒，它們回歸到各自的空間世界再度歸于和平。
到此銀河隊和獵人J的陰謀被成功粉碎，小智繼續旅程，途中他收服了一只圓陸鯊作為伙伴，而小光也成功集齊五枚緞帶徽章可以參加豪華慶典。
第二天小智遇到另一位訓練家阿馴，對方已經集齊了八枚徽章準備參加聯盟大賽。為了提高彼此的實力兩人進行了一場友情對決，阿馴派出了王牌帝鋼企鵝，小智則是召喚猛火猴。雙方爆發了激烈的交鋒場面，一時難分伯仲，但是火箭隊卻襲擊而來抓捕了皮卡丘和帝鋼企鵝。
為了拯救同伴猛火猴再度用出猛火技能，雖然這招擊飛了火箭隊，可卻讓自己陷入了癲狂之中。同時火箭隊遺留下來的機器即將砸落地面引發爆炸，見狀在旁觀戰的真司指揮電擊獸從旁救援，而小智則是再次緊緊抱著猛火猴與它一同承受烈焰的痛苦。
此刻電擊獸已經支撐不住，眼看機器就要引發爆炸，就這樣猛火猴進化成為烈焰猴保護了全部寶可夢，這份掌控猛火的實力也得到了真司的認可。他和小智定下約定要在聯盟大賽中一分勝負，而小智則是對真司的出手相救心懷感激。
一段時間后大家總算來到了最后一個道館湖濱道館，起初館主因為失去了戰斗的熱情不愿進行對決，好在小智和四天王的奧巴用戰斗的激情感染了館主，因此館主同意與小智進行對決。不過戰斗卻因為火箭的襲擊而中斷，在火箭隊的助攻下小智的樹林龜進化成為地殼龜。
然而由于場館的破壞比賽被迫中斷，在修整道館的時間里小光則參加了華麗大賽的豪華慶典，沒想到初出茅廬的她竟然殺入決賽斬獲亞軍，同時武藏也集齊五枚緞帶，并在豪華慶典中取得了四強的好成績。
另一邊喵喵對一只卷尾貓一見鐘情，為了勾引卷尾貓，它將自己說成是火箭隊的受害者并與武藏和小次郎翻臉，然而卷尾貓卻進化成胖虎貓可愛少女突變為猛漢壯婦，見狀喵喵心態炸裂含淚舍棄這段剛剛開始的戀情。
胖虎貓請把我的事全部忘掉在戰斗之路上大步前進吧。
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