海南
第二天大家告別卡露乃繼續旅程，途中小智先是收服了一只號稱為森林冠軍的摔角鷹人，再是參加了一次空中挑戰賽讓小箭雀進化成為火箭雀。隨后他們經過一路的磨煉總算來到了娑羅道館進行挑戰，館主名為科爾尼，眾人還幫助她和路卡利歐完成了mega進化。
很快比試開始前幾輪對決雙方各有勝負，其中小智的摔角鷹人擊敗了功夫鼬，火箭雀則是戰勝了豪力，不過它們都敗給了科爾尼的mega路卡利歐。
面對這樣強大的對手小智選擇用皮卡丘上陣迎敵，只見雙方爆發了激烈的交鋒，電氣與能量彼此沖撞，數十個回合的苦戰之后賽場已是煙霧迷茫，但是戰斗仍舊沒有結束，小智和科爾尼依然斗志高昂。就此皮卡丘擊敗了mega路卡利歐，小智成功取得第三枚徽章戰斗徽章。
接著又是一番旅途，大家結識了一位忍者朋友三普，對方正在執行上忍布置的送信任務，可是有一位忍者卻帶著龜足巨鎧想要搶奪書信，這只龜足巨鎧異常強大，一個照面三普立刻陷入險境。
為了幫助好友小智指揮呱呱泡蛙迎戰龜足巨鎧，但是無論是甲賀忍蛙、皮卡丘還是呱呱泡蛙都無法戰勝龜足巨鎧，而神秘忍者更是下令龜足巨鎧痛下殺手，就這樣呱呱泡蛙進化為呱頭蛙，靠著一招居合斬龜足巨鎧和神秘忍者被成功擊敗。
其實神秘忍者就是三普的上忍，此行的目的也是為了對三普進行忍者的試煉。在此之后先前的烏賊王再次展開行動，原來它隸屬于一個神秘組織并且有著眾多的同伙，這次它們搶奪了科學家的能量儀器想要以此重塑世界，見狀小智等人和君莎小姐都想要阻止對方，然而依靠催眠術烏賊王輕松制服了眾人。
危難之際小次郎的栗烏賊召集了無數烏賊同伴進行反擊，團結產生的力量擊退了神秘組織的烏賊王，隨即本次的能量危機總算解除，另一邊小智遇到了一只弱小自卑的黏黏寶，在他和皮卡丘的鼓勵下黏黏寶恢復自信主動加入小智團隊。
接著大家來到了第四座海翼道館進行挑戰，戰斗中火箭雀輕松戰勝了毽子棉，不過館主的口呆花卻先后擊敗了火箭雀和摔角鷹人。好在小智的呱頭蛙力挽狂潤，先是逆屬性地戰勝了口呆花，再是看穿了坐騎山羊的招式并用水之波動擊潰對手，借此小智成功得到第四枚徽章植物徽章。
在離開了海翼道館后小智還與莎莉娜進行了首次約會，兩人在誓約之樹下互贈禮物場面溫馨感人。第二天受到鼓勵的莎莉娜首次參加了三冠衛星表演賽，雖然這次比賽莎莉娜表演失誤慘遭淘汰，但是她會帶著小智贈予的緞帶向著更高的目標邁進。之后眾人繼續上路。
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